Langfristig sollen auch besondere Themen wie Autökologie und Synökologie der vorgefundenen Arten untersucht werden (Bezug der Arten zu ihrer Umwelt und zu anderen Arten), sowie die Populationsdynamik (wie entwickeln sich die Populationen über die Zeit) und die Phylogeographie (Unterscheiden sich einzelne Arten der Blauhöhle von denen aus nahe gelegenen Quellen? Wie weit sind sie verbreitet? Wie kamen sie in die Höhle? Wo kamen sie her?). Zu diesem Zweck arbeiten wir eng mit Spezialisten aus dem In- und Ausland zusammen. Besonders zu erwähnen sind die Kollegen Dr. Andreas Fuchs (Wien), Dipl. Biologe Hans Jörg Niederhöfer (Stuttgart) und Stefan Zaenker (Fulda).